Conteúdo pra cá formato pra lá!
A ideia de separar o conteúdo do formato é fantástica! Fico louco quando vejo um site bem feito utilizando as boas práticas dos web standards. Exemplo mais que clássico é o Zen Garden, com um slogan não menos interessante "A Estrada para a Iluminação". Só pra alinhar os pensamentos..., Grosso modo você cria sua página utilizando os elementos de marcação do HTML, sem formatação alguma, e depois utilizando os recursos do CSS coloca o formato na página, não necessariamente nessa ordem.
Uma coisa muito importante, tente criar "links" semanticos entre o elemento que você utilizará para marcar determinado conteúdo e o conteúdo propriamente dito. Exemplo: Se você vai criar parágrafo com texto simples, não precisa criar um <div> para isso, utilize o <p> de parágrafo. Se começar a utlizar <div> para tudo que é conteúdo vão começar a te chamar de divmaníaco, e ser um divmaniaco NÃO PODE! Desculpe a brincadeira! Não resisti. :D
Utilizando essa ideia de conteúdo separado do formato, elementos semanticamente corretos, etc. você acaba chegando no coceito tableless, sem tabelas, você para de utilizar tabelas para formatar a sua página já que a formatação vai ser feita com o CSS. Aqui tem um link muito interessante, um vídeo feito pelo Diego Eis. É a criação de um layout utilizando isso tudo acima citado. Muito bom!
Abraços!